SMPIT Abu Bakar mulai tahun ajaran 2018/2019 telah memiliki 2 kampus, dengan masing-masing memiliki keunggulan sendiri-sendiri. Kampus 1 berlokasi di Jln. Veteran Gang Bekisar No. 716 Q, Pandeyan, Umbulharjo, Yogyakata yang membuka dua program, yaitu boarding dan full day school, sehingga disebut dengan SMPIT Abu Bakar Boarding dan Full Day School, sedangkan Kampus 2 berlokasi di Jl. Semaki No.1 Umbulharjo, Yogyakarta dan membuka program full day school dan disebut dengan SMPIT Abu Bakar Full Day School dengan keunggulan di teknologi informasi.
| No | PMB | Status | Menu |
| 1 | Gelombang Khusus (Spesial HUT RI Ke-80) Jumlah Pendaftar: 216 |
Selesai | |
| 2 | Gelombang 1 | Dibuka pada 02 September 2025 jam 08:00 | |
| No | PMB | Status | Menu |
| 1 | Jalur Khusus Esluha | Dibuka pada 02 September 2025 jam 00:00 | |
| 2 | Jalur Inden (kuota terbatas: 10 pa, 10 pi) Jumlah Pendaftar: 14 |
Buka | daftar |
| 3 | Jalur Reguler | Dibuka pada 02 September 2025 jam 00:00 | |