SMPIT Abu Bakar mulai tahun ajaran 2018/2019 telah memiliki 2 kampus, dengan masing-masing memiliki keunggulan sendiri-sendiri. Kampus 1 berlokasi di Jln. Veteran Gang Bekisar No. 716 Q, Pandeyan, Umbulharjo, Yogyakata yang membuka dua program, yaitu boarding dan full day school, sehingga disebut dengan SMPIT Abu Bakar Boarding dan Full Day School, sedangkan Kampus 2 berlokasi di Jl. Semaki No.1 Umbulharjo, Yogyakarta dan membuka program full day school dan disebut dengan SMPIT Abu Bakar Full Day School dengan keunggulan di teknologi informasi.